Nach Anerkennung als UNESCO Biosphärengebiet wurde 2004 der Verein "Halliggemeinschaft Biosphäre" durch die Halliggemeinden und das Amt Pellworm gegründet. Das Amt Pellworm als zuständige Verwaltung der Halligen hat eine Geschäftsstelle für die Biosphäre Halligen eingerichtet, die für den Informationsaustausch und die Koordination der Biosphären-Angelegenheiten zuständig ist. Die Geschäftsstelle ist in den Räumen der Nationalparkverwaltung in Tönning angesiedelt.
Eine Kooperationsvereinbarung regelt die einvernehmliche Zusammenarbeit zwischen der Halliggemeinschaft und der Nationalparkverwaltung in seiner Funktion als Biosphärenverwaltung.
Die Halliggemeinschaft Biosphäre und ihre geschäftsführenden Arbeitsgruppen mit Vertreterinnen und Vertretern der Halligen, des Amtes Pellworm, der Insel- und Halligkonferenz (IHKo) sowie der Nationalparkverwaltung entwickeln Projekte und Initiativen für die Biosphäre Halligen.
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