Neben seiner Ursprünglichkeit ist das Wattenmeer aus zwei weiteren Gründen ein Filetstück des Naturschutzes in Deutschland. Zum einen sind es die Pflanzen und Tiere der im Einflussbereich des Meeres liegenden Salzwiesen. In diesem speziellen Lebensraum, der sich wie ein Saum entlang der Wattenmeerküsten erstreckt, leben etwa 250 Tierarten und Ökotypen, die in keinem anderen Gebiet der Erde vorkommen.
Zum anderen ist das Wattenmeer das vogelreichste Gebiet Europas. Allein der schleswig-holsteinische Teil wird im Frühjahr und Spätsommer von mehr als zwei Millionen Wat- und Wasservögeln aufgesucht, die an den arktischen Küsten Sibiriens, Grönlands und Kanadas brüten. Für sie ist das Wattenmeer attraktiv, weil der Meeresboden mehrere Stunden am Tag zugänglich ist und ihnen dadurch reichlich Nahrung geboten wird.

Grundlage vieler Nahrungsketten im Ökosystem Wattenmeer sind die Kieselalgen. Millionen von ihnen wachsen auf einem Quadratmeter Wattboden. Sie produzieren aus Sonnenlicht, Kohlendioxid und Nährsalzen Biomasse - die Nahrungsgrundlage für winzige Krebse, Muscheln, Schnecken und Würmer. Diese wiederum werden von vielen Tieren des Watts erbeutet, von Vögeln, kleinen, Strandkrabben, Nordseegarnelen...

Fast alle Pflanzen des freien Watts sind Algen, doch je mehr man an Land kommt, um so mehr nimmt die Pflanzenvielfalt zu. In Überflutungszonen gedeihen das Kleine und das Große Seegras. Im Herbst ein Leibgericht für die hungrig rastenden Ringelgänse (Im Frühjahr fallen sie über das zarte junge Gras der Halligwiesen her).

Lagert sich durch den Wechsel von Ebbe und Flut nach und nach so viel Schlick ab, dass der Boden nicht mehr bei jedem Hochwasser überflutet wird, haben auch die Salzwiesenpflanzen eine Chance. Zunächst siedelt sich der Queller an, dann folgen Salzwiesenpflanzen mit raffinierten Überlebenskonzepten. Ihr Problem: Sie wachsen in salzigem Boden und nehmen daher mehr Salz auf, als gut für ihr Gedeihen ist. Das müssen sie also wieder loswerden. Einige Arten sind auf eine "Aufnahmesperre" in den Wurzelhärchen programmiert, andere lagern überschüssiges Salz in später abfallenden Blättern. Weil diese Prozesse viel Energie verbrauchen, wachsen die meisten Salzwiesenpflanzen sehr langsam. Aber in einer ungeheuren Vielfalt! Rund 45 Arten hat man gefunden. Allerdings nicht alle überall. Je nach Überflutungshäufigkeit verteilen sie sich auf vier Höhenzonen. Besonders "fotogen": Strandaster und Strandflieder. Wenn der Strandflieder im Sommer blüht, gleicht die Salzwiese einem sanft wogenden zartvioletten Blütenmeer.
Um die Artenvielfalt zu erhalten, wird nur die Hälfte der Salzwiesen zu Küstenschutzzwecken von Schafen beweidet. Die meisten Salzwiesenpflanzen sind nämlich sehr empfindlich: Sie mögen die weidenden Schafe nicht und reagieren konsequent: Sie stellen ihr Wachstum ein.

Auch die Tiere im Watt müssen mit einem Problem fertig werden: mit dem Wechsel von Flut- und Trockenzeiten. Notgedrungen leben fast alle Arten im Boden. Oder sie können sich eingraben.
So leben im Boden nicht nur die Wattwürmer ( die Produzenten der kringeligen Sandhäufchen), sondern auch die meisten Muscheln. Die Miesmuscheln allerdings siedeln sich in stabilen, an Sand und Schalen festgeklebten, Muschelbänken an. Ihre "Untermieter": Seepocken, Strandschnecken, Strandkrabben.

Jagen und gejagt werden heißt es für den großen Räuber des Wattenmeers: die Garnele. Sie kommt in großer Anzahl vor, frißt große Mengen von Borstenwürmern, Schlickkrebsen und jungen Muscheln - und wird in großen Mengen von Vögeln, Fischen und Krebsen nur zu gerne verspeist. Auch Menschen schätzen sie als Delikatesse. Ebenso wie die Nordseefische.

Über 60 Arten hat man im Wattenmeer gezählt. Die meisten halten sich allerdings nur "auf der Durchreise" hier auf. Zum Beispiel die jungen Larven der Heringe und Schollen, die die Flut aus der offenen See mitbringt. In den Flachwasserzonen finden sie reiche Nahrung und sind geschützt vor ihren Feinden. Wie Exoten unter den Fischen muten in dieser Umgebung die kleinen Haifischarten - der Katzen- und der Dornhai - an.
Pudelwohl scheinen sich die Seehunde wieder im Wattenmeer zu fühlen. Nach der letzten Epidemie haben sich die Bestände wieder prächtig erholt. Bei Niedrigwasser kann man sie in großer Zahl auf Stränden und Sänden beobachten. Viel seltener: die Schweinswale. Sie halten sich mit ihren Jungen besonders westlich von Sylt und Amrum auf.

Und dann die Vögel! Millionenfach lassen sie es sich wohl sein im Nationalpark Wattenmeer. Im Frühjahr und im Herbst setzen sich hier rund 10 Millionen hungrige und erschöpfte Zugvögel an den "gedeckten Tisch". Zum Beispiel sibirische Ringelgänse. Ein Schauspiel, das die Naturschützer mit ornithologisch interessierten Gästen alljährlich mit den "Ringelganstagen" auf den Halligen Hooge,Langeness und Oland feiern.

Gefiederte Stammgäste sind die etwa 30 Küstenvogelarten, die jedes Jahr zwischen April und Juni auf Halligen, Inseln und Sänden, in Dünen und Salzwiesen ihre Jungen ausbrüten. Insgesamt 100.000 Brutpaare werden gezählt.